Hogwarts grundades för över tusen år sedan av fyra av den tidens skickligaste trollkarlar och häxor, nämligen Godric Gryffindor, Helga Hufflepuff, Rowena Ravenclaw och Salazar Slytherin. Under hela sin gärning på skolan tränade och utbildade de personligen alla sina studenter. Hogwarts byggdes långt undan icke magikunniga människors, så kallade mugglares ögon, eftersom häxor och trolldom just inte var särdeles uppskattat på häxjakternas  tid. De fyra grundarna sökte upp varje barn i landet som visade minsta tecken på att besitta magi. Efteråt placerades varje elev i det elevhem som grundarna skapat och danat utifrån sina personliga karaktärsegenskaper. Gryffindor antog elever som visade mod och beslutsamhet, Hufflepuff valde sådana som var ärliga och lojala, Ravenclaw tog endast in intelligenta och flitiga elever, och Slytherin valde de barn som hade ärelystnad och målmedvetenhet som sin ledstjärna. När de fyra grundarna kände ålderdomen närma sig, slet Gryffindor av sig sin hatt och förvandlade den till ett magiskt ting, den så kallade Sorteringshatten, som med osviklig precision placerar varje elev i rätt elevhem. Det förflöt inte lång tid innan Salazar Slytherin tyckte att skolan borde vara mer selektiv i sitt val av studenter och endast ta in renblodiga elever, det vill säga sådana vars föräldrar har magiska krafter. Bråk uppstod mellan honom och de andra grundarna, i synnerhet med Gryffindor, som Slytherin från början stått allra närmast. Slytherin ansåg nämligen inte att halvblod och mugglarfödda var trovärdiga. Han var rädd att deras föräldrar skulle kräva att barnen använde sin magi för familjens egen vinning, eller att föräldrarna kanske skulle stöta ut barnen ur familjen. Gryffindor för sin del ansåg emellertid att alla barn med magiska egenskaper skulle beredas tillträde till skolan och konflikten växte. Även mellan Rowena Ravenclaw och Helga Hufflepuff växte spänningar och alla de fyra grundarna försökte själva ta kontrollen över skolan, vilket orsakade kaos. Till slut lämnade Slytherin skolan, och de kvarvarande tre kunde åter skapa goda relationer med varandra och därmed bibehålla en skola med högklassig undervisning. Även Slytherins elevhem finns kvar än idag, liksom de övriga grundarnas, för att föra hans magiska arv vidare. Innan han lämnade skolan passade han på att i hemlighet bygga den så kallade Hemligheternas kammare och stängde in en basilisk där, för att någon med Slytherins egen gåva någon gång i framtiden skulle kunna straffa mugglare och mugglarfödda som använde magin till att gynna sig själva med rikedom. Runt trehundra år efter att skolan grundades startades den Magiska trekampen. Denna var en prestigefylld tävling mellan de tre bästa magiskolorna i Europa, Hogwarts, Beauxbatons, och Durmstrang.Tävlingen utgjorde samtidigt ett ypperligt tillfälle för trollkarlar och häxor från olika länder att mötas och utbyta erfarenheter med varandra. Tävlingen hölls vart femte år ända till dess de mångtaliga dödsfallen gjorde att man under lång tid såg sig nödsakad att inte anordna dem. Åtskilliga försök gjordes därefter att försöka återskapa trekampen och 1994 beslutade Trolldomsministeriet att ge denna tävling en ny chans, dock under iakttagande av långt större säkerhetsåtgärder.